先日ランニングしてたんですが、初めて腰のあたりが痛くなりました。
お腹が痛くなるのはよくあったんですが、腰が痛くなるのは初めてでした。

歩きながら腰のあたりを触ってみたところ、筋肉が動いてるのを感じました。
恐らく腰の筋肉で歩く時の着地の衝撃を受け止めてるように思います。
腰の筋肉を使わない場合、着地した後、上体が前に倒れてしまうように思います。

これを踏まえて走る時にお腹が痛くなる理由を考えてみます。
通常、歩いたり走ったりする時は足が前に出た後に体が前に進みます。
その際、足に体が引っ張られるようになり、お腹の筋肉(腹筋)を使って体が仰け反らないようにしているように思います。
そうやって、走り続けると腹筋を酷使することになり、お腹が痛くなるように思います。
自転車をいくら漕いでもお腹が痛くならないのはこのためだと思います。
まとめると、走る時にお腹が痛くなるのは腹筋が弱いせいだと思います。

また、腹筋や背筋にかかる力は力のモーメント的に胴体が長い程、大きくなります。
胴長短足の場合はかなり走るのに不利だと思います。